Отдел магистратуры был учреждён на основе «Положения об отделе магистратуры высшего учебного заведения» от 18 февраля 2008 года Министерства высшего и среднего специального образования Республики Узбекистан. Отдел магистратуры ведёт свою деятельность на основе Конституции Республики Узбекистан, законов «Об образовании», «Национальной программы подготовки кадров», решений, указов, распоряжений Президента Республики Узбекистан, постановлений и распоряжений Кабинета Министров, постановлений и решений верхней и нижней палаты Олий Мажлиса, приказов Министра высшего и среднего специального образования и решений Коллегии министерства, а также на основе «Положения о магистратуре» утвержденного приказом Кабинета Министров №36 от 2 марта 2015 года.

Координация деятельности подразделений университета по подготовке магистров осуществляется отделом магистратуры.

Университет мировой экономики и дипломатии подготавливает магистрантов по таким специальностям, как: 5A120701 «Международные отношения и внешняя политика», 5A240105 «Международное право (Международное публичное право)», 5A240106  «Дипломатическое и консульское право», 5A231101  «Мировая экономика (по регионам)», 5A231102 «Внешняя экономическая деятельность (инвестиционная деятельность)». На сегодняшний день на первых и вторых курсах магистратуры обучаются 78 магистрантов.

Специализации магистратуры были утверждены Государственным стандартом образования Министерства высшего и среднего специального образования, студенты магистратуры обучаются на основе данных стандартов. В Положении высшего образования «О магистратуре» установлены основные два компонента подготовки магистрантов – теоритическое обучение и мероприятия организации научных исследований, а также установлены требования содержания, качества и подготовки магистерской диссертации. Студенты магистратуры обучаются по следующим специальным предметам:

  • 5А120701- «Международные отношения и внешняя политика»: «Интересы Узбекистана в международных системах», «Экономическая и энергетическая дипломатия», «Региональные стороны современных международных отношений», «Политические проблемы глобального развития и международных систем»
  • 5А240105 – «Международное право (Международное публичное право)»: «Право международных договоров», «Право международной безопасности», «Право международных организаций», «Международное право по правам человека», «Актуальные проблемы международного права»
  • 5А240106 – «Дипломатическое и консульское право»: «Дипломатическое право», «Консульское право», «Экономическая дипломатия и безопасность», «Актуальные проблемы международного права», «Право международных договоров»
  • 5А231101 – «Международная экономика (по регионам): «Мировая экономика регионов». «Инновационная экономика», «Свободные экономические зоны», «Экономическая дипломатия и безопасность», «Глобальная экономика».
  • 5А231102 – «Внешняя экономическая деятельность (инвестиционная деятельность)»: «Инвестиционная экономика», «Инвестиционные риски», «Зарубежные инвестиции», «Расчёт, анализ и аудит внешне экономической деятельности», «Международная торговля».

Для работы в магистратуре привлечены профессора, доктора наук, доценты, кандидаты наук, а также ведущие учёные и специалисты научно-исследовательских институтов Академии наук, специалисты по научно-исследовательским отраслям и специалисты проектирования.

В магистратуре университета большое внимание уделяется процессу подготовки магистерской диссертации. Примерный перечень тем магистерских диссертаций формируется на протяжении учебного года ведущими профессорами и преподавателями кафедр (учитывая вопросы организаций ожидающих своего решения) и на основании предъявляемых требований заказчиков кадров к специалистам. В частности, магистратура сотрудничает с такими организациями как: Министерство иностранных дел, Министерство торговли, Министерство юстиции Республики Узбекистан, Институт стратегических и региональных исследований при Президенте Республики Узбекистан, Институт мониторинга действующего законодательства при Президенте Республики Узбекистан, Независимый институт мониторинга формирования гражданского общества, Институт Прогнозирования и макроэкономических исследований при Кабинете министров Республики Узбекистан, Национальный центр по правам человека Республики Узбекистан, Аналитический центр исследования внешней политики.